吉木乃边境经济合作区机构设立获得自治区党委编办正式批复（新党编办［2013］103号），同意设立吉木乃边境经济合作区管理委员会，与“中共吉木乃边境经济合作区工作委员会”一个机构，两块牌子，作为阿勒泰地委、行署派出机构，为全额预算管理事业单位，机构规格正县级，核定事业编制15名，其中领导职数3名（一正两副）。

目前，边合区基础设施建设与招商工作加快推进，9公里供排水管网、一级消防站、污水处理厂等工程建设完工，15公里道路建设已列入自治区交通厅规划；投资3500万元的绿能物流危化品运输基地、500万元的红松冷水鱼加工、2000万元的苏洋酒厂项目开工建设，与华凌集团签订投资3.5亿元的综合批发市场投资开发协议，与玉科科技工贸有限公司签订投资3亿美元的拖拉机及机械工程装备零部件加工组装项目投资合作协议。